展区设有“吴地遗珍”、“吴塔国宝”、“吴中风雅”、“吴门书画”这4个富有苏州地方特色的系列常设展览。其中位于地下一层的“吴地遗珍”系列包括史前陶器、玉器等主题展室。地面一层的“吴塔国宝”系列包括虎丘云岩寺塔佛教文物和瑞光寺塔佛教文物两个主题展室等。

该馆基本陈列《苏州历史陈列》，展示苏州自2万年前旧石器时代至明清时期的社会发展历史概貌，尤其对春秋吴王阖闾元年(公元前514)建城2500年以来，出现在春秋、唐宋、明清历史时期3个经济文化发展高峰及资本主义萌芽产生等有较多的反映。

该馆举办有“苏州出土文物陈列”、“太平天国苏福省历史文物陈列”。“苏州出土文物陈列”展出了馆藏新石器时代至明代的出土文物400余件，反映了苏州历史发展的大致历程。“太平天国苏福省历史文物陈列”，反映了太平天国忠王李秀成于1860年6月2日东征苏 州后建立苏福省，三次进攻上海，打击外国侵略者和清王朝封建统治，直至遭到失败的斗争历史。

该馆还经常轮流举办各种临时专题展览，如“明清绘画展览”。 "状元书扇展览”、‘清代丝绣展览”、“古代工艺展览”、“馆藏瓷器展览”、“苏州新民主主义时期文物史料展览”、“辛亥革命文物资料展览”、“苏州昆曲历史陈列”等。